Considerado uno de los clubs históricos del fútbol barcelonés, el CE Júpiter fue fundado el 12 de mayo del 1909 durante una reunión celebrada en la emblemática Cervecería Cebrián, hoy conocida como Horchatería El Tío Ché, situada en la rambla del Poblenou. Los principales impulsores de esta iniciativa fueron los hermanos Mauchan, originarios de Escocia, que trabajaban en una de las numerosas fábricas que en esa época caracterizaban la zona.
Con el crecimiento de la popularidad del fútbol, David Mauchan decidió llevar un balón desde las Islas Británicas e involucró a sus hermanos y conocidos en la práctica de este deporte, originando las bases de la entidad.